四川省汶川卧龙特别行政区1983年成立,原名为四川省汶川县卧龙特别行政区,成立同年更为现名,隶属于四川省人民政府,由四川省林业厅代管。主要职责是:开展区内自然资源尤其是珍稀野生动植物保护,促进区内经济、社会全面发展等。四川卧龙国家级自然保护区管理局1979年成立,为县团级财政全额拨款事业单位,隶属于国家林业局,由四川省林业厅代管。主要职责是:开展保护区内珍贵野生动植物及自然资源的保护和科学研究等工作。目前两单位实行两块牌子、一配机构管理体制。
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