近年来，巴中市全面落实河（湖）长制，大力开展水污染防治、水环境治理等重点工作，坚决筑牢长江上游生态屏障。目前，全市主要河流出境断面水质常年保持在Ⅲ类及以上，全面消除劣五类水体，城市集中式饮用水水源地水质达标率100%，农村集中式饮用水水源地水质有效改善。

针对性制定保护措施，编制流域面积50平方公里的88条河流“一河一策”，建立其它172段河流的“一河一档”，明确水域保护治理问题、任务、措施、责任“四张清单”。

加强水域污染治理，大力整治工业源、农业源、生活源等源头污染，取缔非法入河排污口238个、取缔整改搬迁“散乱污”企业528个，整治城区檬子河、李家堰等5条黑臭水体。

从严禁采禁捕，从砂石全域禁采到主要河流“十年禁捕”，通过设立禁采区、禁捕区、畜禽禁养区等一系列措施，划定沿河禁采区1200公顷、禁捕区600公顷、禁养区73处，退还水生生物、水生态的生存空间。

此外，巴中市还积极结合城市建设、乡村振兴，采取岸线治理、湿地公园和水美新村建设、水土保持、农业面源污染控制等措施，系统开展水岸问题治理。